В задачу ОМО по гастроэнтерологии входит анализ информации по состоянию и развитию гастроэнтерологии в столице, участие в совершенствовании лечебно-диагностического процесса с позиции методологически грамотной организации работы специалистов.

Отдел осуществляет мониторинг удовлетворенности москвичей гастроэнтерологической помощью, изучает передовой мировой и отечественный опыт и занимается его внедрением в практику, проводит научное обоснование стратегии развития гастроэнтерологической службы города Москвы и нормативов объемов медицинской помощи.